Entre tantos troféus, o São Paulo ainda busca completar um espaço que está vazio em sua galeria: a de campeão da Copa do Brasil. São 23 participações na história da competição e apenas uma final alcançada: em 2000, quando perdeu para o Cruzeiro.
No entanto, é possível afirmar que existe um certo “azar” quando se trata do Tricolor Paulista no torneio nacional. A prova disso é a edição de 1996, quando o clube deixou a competição mesmo se ter sido derrotado nas três partidas que disputou – ou seja, invicto.
O motivo da eliminação foi uma escalação irregular de um jogador. Após vencer o América-MG por 2 a 1 e 4 a 1, o Tricolor do Morumbi enfrentou o Internacional nas oitavas de final. No jogo de ida, um empate por 1 a 1 no Beira-Rio parecia encaminhar a classificação do São Paulo.
Porém, Lima, volante recém-contratado pelo clube, já havia defendido o Nacional de Manaus na 1ª fase da competição. Desta forma, ele não poderia atuar por outro clube no mesmo torneio. Porém, o atleta entrou em campo no confronto contra o Inter e o São Paulo acabou punido pela CBF.
Vale lembrar que o Tricolor Paulista contava com nomes de destaque na época, como Denílson, Müller, Edmílson, Valdir e Zetti, além do treinador Carlos Alberto Parreira, que havia sido campeão com o Brasil na Copa do Mundo de 1994.
O campeão da edição da Copa do Brasil de 1996 acabou sendo o Cruzeiro, que derrotou o Palmeiras na finalíssima.