Apesar de diversos torcedores terem apontado uma falha no gol que rebaixou o Santos para a segunda divisão, contra o Fortaleza, João Paulo ainda é visto como um dos menos “culpados” pela mancha histórica do Peixe. O goleiro se pronunciou oficialmente e deu a entender que ficará no clube para a disputa da Série B.
Confira a nota completa de João Paulo após o rebaixamento do Santos:
“Nação, na última semana talvez tenhamos vivenciado uma das maiores dores de nossas vidas, algo que nunca imaginávamos que poderia vir acontecer, mas infelizmente aconteceu e não estávamos preparados para isso! A TORCIDA não merecia, o SANTOS FC NÃO MERECIA, O REI NÃO MERECIA [,,,]. Gostaria de pedir perdão a cada torcedor que depositou suas forças e esperanças em nós, vocês foram fantásticos nos apoiando do início ao fim. Tenham certeza que o Santos se reerguerá e mostrará novamente a sua força e sua grandeza. Só tenho a agradecer por tudo que o Santos FC fez por mim e espero ajudar a recolocar o Santos em seu devido lugar. […]”, escreveu o goleiro.
Desde sua estreia oficial pelo Santos em julho de 2017, João Paulo conquistou seu espaço e assumiu a titularidade em 2020, desempenhando um papel crucial na campanha que levou o clube ao vice-campeonato da Libertadores naquele ano.
Ao longo da temporada de 2023, João Paulo desempenhou o papel de capitão do Santos em grande parte do tempo. No entanto, nos momentos finais do ano, devido à intensa pressão sobre ele, solicitou um rodízio da braçadeira.