Conhecido por sua forte influência política, o Flamengo já foi alvo de punição no STJD por escalação irregular. Caso aconteceu no Campeonato Brasileiro de 2013.
Na ocasião, a equipe levou a campo o lateral-esquerdo André Santos, de forma irregular, na partida diante do Cruzeiro. Com isso a comissão disciplinar do STJD determinou, por unanimidade, a retirada de quatro pontos do time carioca na competição.
Naquele ano, o Rubro-Negro viva uma situação bem diferente e até inimaginável nos dias atuais. O time brigava contra o rebaixamento e a perda dos pontos quase culminou numa inédita queda a segunda divisão nacional.
André Santos havia sido expulso na final da Copa do Brasil diante do Athletico-PR e deveria cumprir punição automática no Brasileirão. A própria Confederação Brasileira de Futebol protocolou uma notícia-infração ao tribunal, denunciando o Fla no artigo 214 do CBJD: “incluir na equipe, ou fazer constar da súmula ou documento equivalente, atleta em situação irregular para participar de partida, prova ou equivalente”.
O Flamengo saiu de 49 pontos para 45 e terminou em 16º lugar, última posição fora do Z-4. Quem caiu foi a Portuguesa, que também perdeu pontos em razão da utilização do meia Héverton, caso que se tornou famoso por causa da denúncia do Fluminense, que teria caído naquele ano.
A Lusa ficou com 44 pontos após o julgamento e salvou a dupla Fla-Flu, que permaneceu na primeira divisão nacional no ano seguinte.
Aquele ano ficou conhecido como o Brasileirão do Tribunal. O Vasco, que também caiu, tentou impugnar a partida diante do Athletico-Pr em razão da briga entre as torcidas, mas a denúncia foi recusada pelo STJD.